É planta perene que raramente atinge a fase reprodutiva, pois a colheita é realizada antes do florescimento, ao final do estágio vegetativo. O caule, cilíndrico e rugoso, compõe-se de uma cepa, comumente chamada de pescoço, de cuja parte superior saem ramificações curtas denominadas rebentos, filhotes ou propágulos, em número de 10 a 50, conforme a variedade e as condições ambientais, de onde nascem as folhas, de formato pinatisecto. Esse conjunto é chamado comumente de coroa, touça ou touceira.
Da parte inferior da cepa saem as raízes tuberosas, que constituem a parte comercializável. Podem ser alongadas, cilíndricas ou cônicas, com coloração variando de branco a amarelo-intenso ou púrpura-escuro, conforme o clone. Têm película brilhante e tamanho variando até 25cm. São produzidas em número de seis ou mais por planta. O mercado brasileiro, porém, apresenta preferência por raízes de formato cônico alongado e de coloração amarela intensa.
Quanto ao desenvolvimento das raízes de reserva, sua emissão ocorre por volta de 70 dias após o plantio, verificando-se duas fases distintas. O crescimento primário ocorre em comprimento até, aproximadamente, o quarto mês. A partir de então, dá-se o crescimento em diâmetro das raízes tuberosas (crescimento secundário), ocorrendo nesta fase a diferenciação quanto ao formato e tamanho das raízes produzidas.
A inflorescência é composta por um conjunto de umbelas que são formadas em épocas diferentes. Em algumas condições, a cultura floresce e produz sementes botânicas viáveis em quantidades razoáveis, podendo-se utilizá-las em trabalhos de melhoramento genético. Deve-se deixar claro que em mandioquinha-salsa a propagação sexuada, isto é, o uso de sementes botânicas em plantios comerciais, é absolutamente inviável, pelos baixos índices de germinação e vigor da planta de primeira geração e pela desuniformidade da população oriunda de sementes.
É comum, na região Sudeste, em plantios de julho a setembro, observar-se elevado percentual de florescimento no campo. Existe interação com o frio, mas o estresse hídrico em plantas ou mudas maduras é preponderante na indução ao florescimento precoce. Isso coincide com o fato de que nas condições climáticas de seu local de origem, onde ocorrem baixas temperaturas, é rara ou mesmo desconhecida a inflorescência, devido a um regime hídrico bem distribuído.
A produção de mudas na coroa merece atenção quanto à biologia da planta, no tangente ao seu desenvolvimento. Na touceira existem mudas com idades fisiológicas variadas, desde a primeira, utilizada no plantio que no ponto de colheita se encontra extremamente lignificada e com grande quantidade de reservas, às últimas formadas ou em formação ainda, com pequena quantidade de reservas. O uso de mudas juvenis implica em maior vigor e pegamento, desde que a quantidade de reservas seja suficiente para suportar o arranque inicial da planta até a formação de raízes, o que ocorre cerca de 10 dias após o plantio. Essa desuniformidade quanto à idade fisiológica das mudas promove enraizamento e brotação desiguais, fato comumente verificado em plantios realizados diretamente no local definitivo.