As plantas daninhas interferem negativamente na cultura da melancia, pois reduzem severamente a produtividade e a qualidade dos frutos. A competição é o principal efeito direto da presença das plantas invasoras em áreas de cultivo de melancia, uma vez que as invasoras competem com a cultura por água, nutrientes, luz e espaço. As plantas daninhas podem apresentar efeito alelopático, ou seja, podem liberar no ambiente substâncias que inibem a germinação ou o desenvolvimento das plantas de melancia. Além da competição e alelopatia, as plantas invasoras causam prejuízos indiretos, pois hospedam pragas e doenças que atacam a cultura.

Recomenda-se manter a área de cultivo livre das plantas daninhas desde o início do desenvolvimento da cultura até o fechamento das ramas. O manejo preventivo constitui-se na principal forma de se evitar que plantas daninhas infestem as áreas com plantio de melancia. As sementes e propágulos de invasoras podem ficar aderidos a equipamentos, veículos e roupas e assim se deslocarem de uma área infestada para outra não infestada, por isso, faz-se necessário uma prévia limpeza antes da entrada na área.

Outro manejo que pode ser adotado é o cultural, dando condições à cultura de vencer a competição com as plantas daninhas. Assim, devem-se adotar técnicas recomendadas para o plantio e condução da cultura, principalmente a adoção de espaçamento, densidade de plantio, adubação e irrigação adequados e controle eficiente de pragas e doenças.

Por se tratar de uma cultura muito sensível, cuidados devem ser tomados durante a capina para não danificar o sistema radicular e os ramos. O controle de plantas invasoras entre as linhas de cultivo pode ser feito utilizando-se tratores ou tração animal. Entre as plantas, este controle deve ser manual, com o uso de enxada. Estas formas de controle são favorecidas pelo amplo espaçamento entre fileiras. O controle manual de plantas daninhas no cultivo da melancia é recomendado até, aproximadamente, 50 dias após a germinação. Após este período crítico de interferência, a cultura já formada tem maior capacidade de competição e o desenvolvimento dos ramos impede o estabelecimento das plantas daninhas.

A utilização do controle químico não é recomenda, posto que não há herbicidas registrados para a cultura. Porém, em áreas altamente infestadas por plantas daninhas pode-se integrar o controle manual com a aplicação de herbicidas seletivos em pré ou pós-emergência, para tanto o agricultor deve procurar técnico especializado para fazer a recomendação, pois a seleção do herbicida é feita de acordo com as plantas daninhas presentes na área e o seu nível de infestação.

A cobertura morta com palha de arroz, bagaço de coco ou palha seca é uma alternativa no manejo de plantas daninhas.